In 1944 ontstond binnen de Gereformeerde Kerken een conflict over de betekenis van de Doop. Een aantal kerken bestreed de uitspraken van de Gereformeerde Synode. Deze kerken staan bekend als Gereformeerde Kerken Vrijgemaakt. In 2003 zijn de Gereformeerde Kerk Vrijgemaakt en onze kerk in Middelburg, na toestemming van de beide classes, een zusterschaprelatie aangegaan. Dit betekent o.a. dat de predikant van de Middelburgse Gereformeerde Kerk (Vrijgemaakt) de diensten in de Gasthuiskerk mag leiden en dat onze predikant kan voorgaan in diensten van de Gereformeerde Kerk aan het Klein Vlaanderen.